ישנם סוגים שונים של ניתוחי חניכיים. ניתן לדבר בגדול על שני סוגים. ניתוחים בהם מצמצמים את הכיסים העמוקים והפגמים שהמחלה גרמה על ידי הסרת רקמה, אלו ניתוחים רסקטיביים, וניתוחים רגנרטיביים – שבהם משתמשים בחומרים שונים כדוגמת אבקת עצם, לצורך צמצום הכיסים וסגירת הפגמים בעצם שגרמה המחלה.
לניתוחי החניכיים יש תדמית מאד שלילית בציבור. צירוף המילים "ניתוח – חניכיים" נשמע מאד מאיים ומלחיץ. ממש לא בצדק.. לא שמדובר בתענוג…אבל היום הפרוצדורות והטכניקות הכירורגיות בחניכיים ברבה יותר מינימאליות ושמרניות, יש שליטה מאד טובה על כאב במהלך הפרוצדורה כך שהיא לחלוטין אינה כואבת, וכאשר משתמשים בגישה כירורגית מינימאלית וזהירה, גם התופעות הפוסט טיפוליות וההחלמה הן מינימאליות וסבירות בהחלט.
פעולה כירורגית בחניכיים, או "ניתוח חניכיים" הוא כלי טיפולי טוב ומועיל בהרבה מאד מצבים, וכאשר הוא מבוצע על ידי מטפל מיומן ובצורה נכונה, הוא בהחלט עשוי להציל שיניים מעקירה.