הטיפול במחלת החניכיים תלוי בסוג המחלה ובחומרתה.
במידה והאבחנה הינה של דלקת חניכיים, אזי ישיבה של הסרת אבנית והדרכה בגהות הפה, מה שקרוי לרוב "טיפול שיננית", עשוי להיות מספיק. בטיפול זה השיננית מסירה את המשקעים שהצטברו על פני השיניים – האבנית, ונותנת הדרכה בגהות הפה. לעיתים יש צורך ביותר מישיבה אחת על מנת להגיע לתוצאות מיטביות. לאדם שסובל מדלקת חניכיים מספיק לבצע טיפול שיננית כנ"ל אחת ל 6 חודשים.
הטיפול במחלת חניכיים מתחלק לשלושה שלבים טיפוליים.
השלב הראשון – השלב האנטי דלקתי – בשלב זה מבצעים ניקוי יסודי של כיסי החניכיים, טיפול שנקרא "הקצעת שורשים", או "ניקוי עמוק". מטרת הטיפול היא להוריד את העומס הזיהומי שבחניכיים, ולהפחית את רמת הדלקת. הטיפול מבוצע תחת הרדמה מקומית, הפה מחולק לארבעה רבעים, וניתן לבצע את הטיפול ה 4 ישיבות, כל פעם רבע פה, בשתי פגישות של חצי פה כל פעם ולעיתים ניתן לבצע טיפול בכל הפה בישיבה אחת.
מספר שבועות לאחר הטיפול מבוצעת בדיקה מדוקדקת של מצב החניכיים, שנקראת "הערכה מחדש", נעשית הערכה מדוקדקת של מצב החניכיים ומתקבלת החלטה על תוכנית הטיפול ההמשכית.
שלוש אפשרויות טיפוליות המשכיות בעקבות ההערכה מחדש:
א. באם הקצעת השורשים הביאה להפחתה משמעותית של רמת הדלקת בחניכיים ולצמצום בעומק כיסי החניכיים מתחת לרף של 5 מ"מ, יומלץ להיכנס לטיפול של "תחזוקה" עליו יוסבר בהמשך.
ב. במידה ולאחר הטיפול נותרו כיסי חניכיים עמוקים מ 5 מ"מ, מועטים ומבודדים, ניתן לטפל בהם בצורה שמרנית באמצעות תכשירים שמוחדרים לתוך הכיסים, דוגמת פריוצ'יפ וארסטין, עליהם יוסבר בהמשך.
ג. באם לאחר הקצעת השורשים נותרו אתרים רבים עם כיסים שאריים של יותר מ-5 מ"מ, ניתן לטפל באתרים אלו כירורגית על ידי ביצוע של ניתוחי חניכיים למיניהם. זהו השלב השני בטיפול.
בכל מקרה של אופי הטיפול ההמשכי תמיד יהיה צורך קבוע בביצוע של טיפול "תחזוקה". טיפול תחזוקה מורכב משלושה רבדים.
הרובד הראשון הוא הטיפול העצמי היומיומי שמבצע המטופל בביתו – הצחצוח והניקוי היומיומי כפי שהודרך לעשות.
הרובד השני הוא ניקוי מקצועי אצל שיננית, אחת לשלושה חודשים
הרובד השלישי הוא ביקורת ובדיקה אחת לשנה אצל רופא החניכיים
חשוב מאד להדגיש, כל טיפולי החניכיים מטרתם היא להאט את קצב התקדמות המחלה ויש הכרח בהקפדה על הטיפול התחזוקתי לכל החיים!